大規模ゲノム情報解析用計算機システム一式 売買契約にかかる入札について

大規模ゲノム情報解析用計算機システム一式 売買契約にかかる入札について 調達情報 大規模ゲノム情報解析用計算機システム一式 売買契約にかかる入札について 次のとおり一般競争入札に付します。 令和５年12月6日 国立研究開発法人国立循環器病研究センター理事長 大津 欣也 ◎調達機関番号 ８２０ ◎所在地番号 ２７ １ 調達内容(１) 品目分類番号１４、２７ (２) 購入等件名及び数量 大規模ゲノム情報解析用計算機システム一式 売買契約 (３) 調達件名の特質等入札説明書及び仕様書による。 (４) 納入期限令和６年３月３１日 (５) 納入場所仕様書のとおり (６) 入札方法入札金額については、調達案件にかかる本体価格のほか、履行に要する一切の費用を見積った額とすること。 なお、落札決定に当たっては、入札書に記載された金額に当該金額の１０パーセントに相当する額を加算した金額（当該金額に１円未満の端数があるときは、その端数金額を切り捨てるものとする。 ） をもって落札価格とするので、入札者は、消費税に係る課税事業者であるか免税事業者であるかを問わず、見積もった契約金額の１１０分の１００に相当する金額を入札書に記載すること。 ２ 競争参加資格(１) 国立研究開発法人国立循環器病研究センター契約事務取扱細則（以下、契約細則という。 ） 第６条の規定に該当しない者であること。 なお、未成年者、被保佐人又は被補助人であっても、契約締結のために必要な同意を得ているものは、同条中、特別の理由がある場合に該当する。 (２) 契約細則第７条の規定に該当しない者であること。 (３) 契約指名停止等措置要領第２条及び第３条の規程に該当しない者であること。 (４) 厚生労働省競争参加資格（全省庁統一資格） 「物品の販売」のA,B又はCの等級に格付され、近畿地域の競争参加資格を有する者であること。 なお、当該競争参加資格については、令和５年３月３１日付け号外政府調達第６０号の官報の競争参加者の資格に関する公示の別表に掲げる申請受付窓口において随時受け付けている。 (５) 契約細則第５条の規定に基づき、理事長等が定める資格を有する者であること。 ３ 入札書の提出場所等(1) 入札書の提出場所、契約条項を示す場所、入札説明書の交付場所及び問い合わせ先〒５６４-８５６５大阪府吹田市岸部新町６番１号国立研究開発法人国立循環器病研究センター財務経理課契約係 渡部 加与電話０６-６１７０-１０６９ 内線４００９３E-Mail: watanabe.kayo@ncvc.go.jp (２) 入札説明書の交付方法３（１） に示す場所にて直接交付するか、若しくは電子メールにて交付する。 電子メールでの交付を受ける場合は３（１） に示すメールアドレスに調達件名・会社名・担当者名・連絡先を入力し、参加希望の旨メール送信すること。 (３) 入札書の受領期限令和６年１月２９日 １７時００分 (４) 開札の日時及び場所令和６年２月２日 １１時３０分センター内会議室 ４ その他(１) 契約手続において使用する言語及び通貨日本語及び日本国通貨 (２) 入札保証金及び契約保証金免除 (３) 入札者に要求される事項この一般競争に参加を希望する者は、競争参加資格に関する証明書等を入札説明書に示す受領期限までに提出しなければならない。 入札者は、開札日の前日までの間において、理事長等から当該書類に関し説明を求められた場合は、それに応じなければならない。 (４) 入札の無効本公告に示した競争参加資格のない者の提出した入札書、入札者に求められる義務を履行しなかった者の提出した入札書は無効とする。 (５) 契約書作成の要否要 (６) 落札者の決定方法本公告に示した調達案件を履行できると理事長等が判断した資料及び入札書を提出した入札者であって、契約細則第３６条の規定に基づいて作成された予定価格の制限の範囲内で最低価格をもって有効な入札を行った入札者を落札者とする。 (7) 詳細は入札説明書による。 ５ Summary(１) Official in charge of disbursement of the procuring entity:Kinya Otsu, President, National Cerebral and Cardiovascular Center(２) Classification of the products to be procured:１４、２７(３) Nature and quantity of the products to be purchased:Massive genome data analysis Complete computer system 1 set (４) Delivery period:March ３１,２０２４(５) Delivery place:National Cerebral and Cardiovascular Center(６) Qualification for participating in the tendering procedures:Suppliers eligible for participating in the proposed tender are those who shall:① not come under Article 6 of the regulation concerning contract for National Cerebral and Cardiovascular Center. Furthermore, minors, person under conservatorship or person under assistance that obtained the consent necessary for concluding a contract may be applicable under cases of special reasons within the said clause;② not come under Article 7 of the regulation concerning contract for National Cerebral and Cardiovascular Center;③ have Grade A,B or C in “Sales of products” for participating in tenders by Ministry of Health, Labour and Welfare (Single qualification for every ministry and agency) in Kinki Region;④ meet the qualification requirements which the Obligating Officer may specify in accordance with Article 5 of the Regulation;(７) Time-limit for tender：１７:００ P.M. January ２９, ２０２４(８) The language and currency which are used in contract procedure:Japanese language and Japanese Yen(９) For details concerning this tender:refer to the Tender manual(１０) Contact point for the notice :Kayo Watanabe, Finance and Accounting Division, National Cerebral and Cardiovascular Center, ６-１ Kishibeshinmachi,Suita-city, Osaka, ５６４-８５６５ Japan. TEL ０６-６１７０-１０６９ ext.４００９３ E-Mail: watanabe.kayo@ncvc.go.jp 『入札説明書』はこちら【pdf:359KB】からダウンロードできます。 『仕様書』はこちら【pdf:294KB】からダウンロードできます。 『契約書（案） 』はこちら【pdf:156KB】からダウンロードできます。 最終更新日：2023年12月04日 詳細 取引先業者の皆様へ 一般競争入札 公募型企画競争 随意契約公示 公募公告 参考見積依頼公告 情報提供依頼公告 情報の公開 契約監視委員会 環境に配慮した取り組み 障害者優先調達促進法について 中小企業者に関する国等の契約の基本方針について PPP/PFI手法導入優先的検討にかかる基本方針 大規模ゲノム情報解析用計算機システム一式Massive genome data analysis Complete computer system 1 set仕様書令和5年11月国立研究開発法人国立循環器病研究センターNational Cerebral and Cardiovascular Center Hospital1. 調達の背景及び目的国立研究開発法人国立循環器病研究センター(以下、本センター)では、大規模なヒト全ゲノムデータを用いて情報解析研究及び開発を進めている。 現状のCPUサーバーでは上記ゲノムデータの解析に際し非常にサーバー負荷が強く、効率的に解析を進めることが困難であるため、膨大な量のゲノミクスデータの解析が可能な高性能な計算サーバーを導入し、より短時間で大量のデータを処理できる環境が必要である。 ゲノムデータの利活用推進はゲノム医療および本センターの解析研究全体に資するものである。 本仕様書は大規模ゲノム情報解析用計算機システムの要件を記載し、導入システム構成を定めるものである。 2. 調達物品の概要大規模ゲノム情報解析に適した、ラックマウント型の GPU 搭載サーバーであること。 ゲノム情報解析の計算性能を十分に発揮できる CPU、GPU、メモリの構成となっていること。 また既に稼働中のシステムとの連携が求められる。 3. 調達物品および構成内訳(構成内訳)・大規模ゲノム情報解析用計算サーバー 1台・運用管理のための備品 1式4. 納入期限令和6年3月31日5. 納入場所国立研究開発法人国立循環器病研究センター 情報統括部サーバー室6. 全体事項(1) 各物品の仕様は本仕様書に記載されている内容と同等又は同等以上の物品とすること。 (2) 物品の証明は、競争参加希望者の証明に基づき、発注者が認めた場合に限るものとする。 7. 技術的要件の概要(1) 本調達物品に係る性能、機能及び技術等(以下｢性能等｣という。 の要求要件(以下｢技術的要件｣という。 )は｢8．技術的要求の詳細｣に示すとおりである。 (2) 技術的要件は全て必須の要求要件である。 8. 技術的要件の詳細(1)「大規模ゲノム情報解析用計算サーバー」は以下の要件を満たすことA) 当センターに設置済みの19インチラックにマウントすること。 マウントの際、前面背面の扉を正常に締めることができること。 出来ないもしくは不明である場合は、事前に設置場所を現地確認の上、納入予定のラックマウントの仕様について、当センターの承認を得ること。 B) AMD社製のInfinityアーキテクチャ対応の第二世代EPYCまたはこれと同等以上の性能・機能を有すると判断される32個以上のコアを持つプロセッサ(CPU)を2個以上搭載すること。 各CPUのベース動作周波数は2.6GHz以上であること。 対応メモリの最大動作周波数は4800MHz以上で、各CPUはメモリとの間のチャンネルを12系統以上有すること。 各CPUのキャッシュサイズは256MB以上であること。 各CPUはPCI Expressバージョン5に対応していること。 C) 2TB以上のDDR4-3200 ECC Registeredメモリを搭載すること。 各メモリーモジュールの容量は64GB以上であること。 D) 1Gbps以上のRJ45でネットワーク接続可能なインターフェイスを2個以上有すること。 OS の起動状態とは独立したシステム管理機構を有すること。 本機構をIPMI2.0、SNMP 及びHTTPS プロトコルを用いて遠隔制御可能なRJ451GbEthernet 対応のネットワークポートを有すること。 E) 次の仕様を満たすGPU(グラフィックプロセッシングユニット)による汎用計算可能なハードウェア(GPGPU)を6基以上搭載していること。 GPGPUの仕様はアーキテクチャがHopper以降の世代でありピーク単精度浮動小数点演算能力(TF32)が１PFLOPS以上(1TFLOPS=1秒間に1兆回の浮動小数点演算を行うこと)、ピーク倍精度浮動小数点演算能力(FP64)が60TFLOPS以上、ピーク半精度浮動小数点演算能力(BFLOAT16)が300TFLOPS以上の性能で、GPUメモリーを80GB以上搭載すること。 またノードは直接型GPU間相互接続機能を備えたスイッチを搭載し、すべてのGPUペア間で同時通信可能であること。 GPU間接続の双方広帯域は合計で600GB/s以上であること。 F) 4台のU.2 NVMe ドライブを有すること。 1台のU.2ドライブにはオペレーティングシステムをインストールし容量7.68TB以上、3台のU.2 NVMe ドライブは容量7.68TB以上であること。 G) 筐体は単相交流200ボルトで動作すること。 H) 筐体の電源ユニットは1800Wx4(2+2冗長化)以上の構成されており活性交換可能であること。 I) 筐体を19インチラックにマウントするためのレール(相当)、PDUは、本調達に含めること。 J) OSとしてUbuntu 22.04 LTSの動作が保証されていること。 K) 万が一の故障等によりシステムディスクを同等モデルの別のディスクに交換した際にも、パーティション、ファイルシステム、ファイル内容等全てを出荷時の状態に戻すことが可能なブータブルUSBスティックを添付すること。 また、その復旧操作手順の書面を添付すること。 (2) 運用管理のための備品」は以下の要件を満たすことA) 「大規模ゲノム情報解析用計算サーバー」を繋ぐ PDU を運用に必要な数以上用意すること。 B) 「大規模ゲノム情報解析用計算サーバー」から既設計算サーバー環境に繋ぐケーブル類を運用に必要な数以上用意すること。 (3)その他A) ソフトウェア、コンテナイメージとしてコンテナアプリケーションを使用するために、Docker、NVIDIA Container Toolkit、Singularity、Apptainer / SlurmもしくはAGE(Altair GridEngine)を同時にインストールすること。 SlurmもしくはAGE の導入にあたっては他の NVIDIA Container Toolkit、Singularity もしくはApptainer 等のソフトウェアとの連携可能であることを当センターに報告し承認を得ること。 また、搭載GPUに応じたリソースを正しく定義すること。 CUDA Toolkit最新バージョンと将来リリースされるものを含めた複数バージョンの CUDAToolkit 並びに対応する GPU ドライバをインストールして使用することが可能であること。 さらにそれらをインターネットを通じてコマンドから自動設定可能な手段が提供されること。 NVIDIA HPC SDK最新バージョンと将来リリースされるものを含めた複数バージョンをインストールして使用することが可能であること。 さらにそれらをインターネットを通じてコマンドから自動設定可能な手段が提供されること。 上記手段の解説書を入札時に提出すること。 本計算機には、本計算機メーカが用意するリポジトリサーバーから、世代毎の GPU に最適化されたコンテナ化されていないOSネイティブなソフトウェア群を、モジュールとしてダウンロード・設定可能な環境を設定すること。 また、将来CUDA新バージョンに対応したソフトウェア群のリリース時には、オンラインでダウンロードして使用可能となること。 上記手段の解説書を入札時に提出すること。 pythonソースコードに簡単な呼び出し文などを挿入することでDeepLearningの実験管理が可能なソフトウェアをインストールすること。 そのソフトウェアはデータセットバージョン管理機能、ハイパーパラメータスイープ機能、実験結果管理機能、レポート作成機能を備えること。 これらの機能については実際にソフトウェアを使用し正常に機能することを当センターに報告し承認を得ること。 システム、BIOS、マザーボード、BMC、CPU、メモリ、PCIスロット、ネットワークインターフェース、GPU、ストレージ、ファイルシステム、カーネルバージョンについて詳細な情報を一覧にした構成表を添付すること。 なお、本体、マザーボード、各メモリモジュール、各ストレージ、および各GPUについては全てのシリアル番号を含むこと。 B) ゲノム解析 ツールキット「NVIDIA Clara Parabricks」をインストールすること。 また実際にソフトウェアを起動し正常に機能することを当センターに報告し承認を得ること。 C) 当センターと協議の上、OSの基本設定を行うこと。 D) 当センターの指定するウイルス対策ソフトを導入すること。 9. 性能・機能以外に関する要件(1) 設置条件等A) 原則として各機器の搬入、梱包材の回収、据付、接続、試運転調整等の一切の作業を行い、費用は本調達に含まれる。 B) 導入時の作業日程と体制を指示し、本センターと協議しその指示に従うこと。 C) 導入については業務に支障が無い様に配慮し、計画的に行うこと。 また本センター施設に損傷を与えない様に十分な注意を払う様に努め、必要があれば納入経路に養生を施すこと。 導入の際には供給者が必ず立ち会うこと。 万が一、本センター建物・施設等に損傷を与えた場合は落札者の責任において原状回復をすること。 D) 設置場所は本センターが指定する場所に設置すること。 (2) アフターサービス・メンテナンス体制についてA) 無償保証期間は納入後最低3年以上とし、この間の保守は、オンサイト保守(平日オンサイト保守 9 時‐17時対応)とすること。 またファームウェアの脆弱性や修正情報を確認できるサイトがあること。 保守対象は、当該システムを構成する全てのハードウェア及びソフトウェアとするが、各機器の保守対応は下記のとおりとする。 また保証内容は、障害発生時の修理･交換部品の提供、運送及び障害発生の直前あるいは本システム納入時の状態までの復旧作業とする。 但し、使用者の過失に起因する障害については無償保証対象外とする。 ⚫ ハードウェアハードウェア障害の原因特定後、翌営業日以内に現地で修理対応可能なアフターサービス体制であること。 翌営業日に対応可能な保守受付時間は月曜～金曜9:00～17:00(土日祝日及び年末年始を除く。 )以内の対応であること。 ⚫ ソフトウェア障害通知日時が営業時間内(土日祝日、特別休暇日及び年末年始を除く9時から17時)であるときは、障害連絡を受けた当日に電話又は電子メールによる障害内容の確認をすること。 復旧対応は特別な理由がない限り障害連絡日を含む3営業日以内にオンサイトにより実施すること。 B) 営業時間内(土日祝日、特別休暇日及び年末年始を除く9時から17時)に、電話、電子メールまたはファックスによる技術情報の提供に応じること。 C) 補修パーツ及びハードウェアの修理対応は、オンサイト修理・引取修理等の修理形態の違いに関わらず無償で提供すること。 また、納入後 5 年間までの保守延長対応が可能であること。 D) 障害発生時には、障害連絡日時が営業時間内であるときは、連絡を受けた当日中に電話、電子メールまたはファックスによる障害確認を実施すること。 また、営業時間外であっても可能な限り速やかに実施すること。 E) ハードウェアについては、特別な理由がない限り、遅くとも障害連絡日の翌営業日までにはオンサイトでの修理や交換などの復旧作業を行うこと。 但し、正当な理由により復旧作業に時間を要する場合には、2営業日以内にオンサイトにて障害の切り分けを行い、修理・交換の方向性を協議すること。 F) 仕様の一部あるいは全部を他社製品で満たしている場合にも、これらの製品のアフターサービス、メンテナンス等を受注者が責任を持つこと。 G) 日本国内で装置の運用を円滑にするための技術的相談に速やかに応じられる体制であること。 H) 上記保守への対応については、供給者が当該システムのメーカあるいは代理店に委託してこれを行うことが出来るものとする。 I) 担当者との協議を円滑に行うため、障害発生時には日本語を母国語とするか、日本語能力試験N1資格を有する者が対応にあたること。 10. 情報セキュリティ管理(1) 受注者は、以下を含む情報セキュリティ対策を実施すること。 また、その実施内容及び管理体制についてまとめた情報セキュリティ管理計画書を契約締結後2 週間以内に作成し、当センターの承認を受けること。 (2) 当センターから提供する情報の目的外利用を禁止すること。 (3) 本業務の実施に当たり、受注者またはその従業員、本調達の役務の内容の一部を再委託する先、若しくはその他の者による意図せざる変更が加えられないための管理体制が整備されていること。 (4) 受注者の本業務の実施場所、本業務従事者の所属・専門性(情報セキュリティに係る資格・研修実績等)に関する情報提供を行うこと。 (5) 情報セキュリティインシデントへの対処方法が確立されていること。 (6) 情報セキュリティ対策その他の契約の履行状況を定期的に確認し、当センターへ報告すること。 (7) 情報セキュリティ対策の履行が不十分である場合、速やかに改善策を提出し、当センターの承認を受けた上で実施すること。 (8) 当センターが求めた場合に、速やかに情報セキュリティ監査を受け入れること。 (9) 本調達の役務内容を一部再委託する場合は、再委託されることにより生ずる脅威に対して情報セキュリティが十分に確保されるように情報セキュリティ管理計画書に記載された措置の実施を担保すること。 (10) 当センターから要保護情報を受領する場合は、情報セキュリティに配慮した受領方法にて行うこと。 (11) 当センターから受領した要保護情報が不要になった場合は、これを確実に返却、または抹消し、書面にて報告すること。 (12) 本業務において、情報セキュリティインシデントの発生または情報の目的外利用等を認知した場合は、速やかに当センターに報告すること。 11.その他(1) 提案する機器及びソフトウエアは原則として入札時に商品化されていること。 製品化されていない機器等により応札する場合にはこれを明記し、技術的要件を満たしていること、また納入期限以前には製品化され納入可能であることを証明すること。 (2) 入札時点で製品化されていない機器又はソフトウエアによって応札する場合には技術的要件を満たす事が可能な旨の説明書、開発計画書、納入期限までに間に合うことの根拠を十分に説明できる資料及び証明書等を提出すること。 (3) システムの再設定が必要になった場合には納品時の設定状態まで復旧させた上で障害対応完了とすること。 (土、日、祝日、本センターの指定する日及び年末年始12月29日～1月3日は除く)(4) 提案に際しては提案システムが本仕様書の要求要件をどの様に満たすか、或いはどのように実現するかを要求要件ごとに具体的かつわかりやすく記載すること。 (5) 提供された資料等が不明確な場合技術的要件を満たしていないとみなす。 (6) 提出資料等に関する照会先を明記すること。 (7) 機器の基本情報、機器の説明、使用方法、点検方法などを記したマニュアルを電子媒体及び紙媒体で本学が必要とする部数(紙媒体の場合)付属すること。 マニュアルに要する費用は、本調達に含まれる。 (8) 機器細部の寸法、形状、色、付属品等の設置場所及びこの仕様に定めがないことなどについては、担当者と協議の上、決定すること。 (9) 本装置の品質担保および信頼性の担保のため、高品質製品を提供できる規格である品質マネジメント ISO9001 を取得している工場を国内にもっていることが望ましい。 またISO14001(環境マネジメントシステム)を取得していることが望ましい。 (10) 本センターの設置環境と同じ電圧(単相 200V)にて動作確認・出荷テストが行える環境を有すること。 (11) 本仕様書に定め無き事項又は疑義を生じた場合は、事前に協議の上、その指示に従うこと。 以上